Sekretariat Daerah dipimpin oleh seorang Sekretaris Daerah Kabupaten Asahan, yang membawahi 3 (tiga) Asisten dan 8 (delapan) Bagian, yaitu:

1.      Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat, membawahi:

a.     Bagian Pemerintahan Umum

-       Sub Bagian Pemerintahan Umum

-       Sub Bagian Pertanahan dan Perbatasan

-       Sub Bagian Otonomi dan Perangkat Daerah

b.    Bagian Hukum

-       Sub Bagian Perundang-undangan

-       Sub Bagian Bantuan Hukum

-       Sub Bagian Dokumentasi dan Penyuluhan Hukum

c.     Bagian Kesejahteraan Sosial

-       Sub Bagian Agama

-       Sub Bagian Pelayanan Sosial

-       Sub Bagian Pendidikan dan Tenaga Kerja

2.      Asisten Perekonomian dan Pembangunan, membawahi:

a.     Bagian Ekonomi

-       Sub Bagian Sarana Perekonomian

-       Sub Bagian Produksi Daerah

-       Sub Bagian Industri Perdagangan dan Pariwisata

b.    Bagian Pembangunan

-       Sub Bagian Program

-       Sub Bagian Kerjasama Luar Negeri antar Daerah

3.      Asisten Administrasi Umum, membawahi:

a.     Bagian Hubungan Masyarakat

-       Sub Bagian Pengumpulan Informasi dan Pemberitaan

-       Sub Bagian Bina Penerangan dan Siaran

-       Sub Bagian Protokol

b.    Bagian Organisasi dan Tata Laksana

-       Sub Bagian Kelembagaan

-       Sub Bagian Tata Laksana

-       Sub Bagian Analisa dan Informasi Jabatan

c.     Bagian Umum

-       Sub Bagian Rumah Tangga

-       Sub Bagian Tata Usaha

-       Sub Bagian Sandi dan Telekomunikasi